Macrozoöbenthos (ongewervelde bodemdieren) kan zowel chemische verontreinigingen alsook hydromorfologische achteruitgang indiceren. In de Rijn werden in totaal meer dan 560 soorten of hogere taxa vastgesteld. Typerend zijn vooral weekdieren (Mollusca), borstelarme wormen (Oligochaeta), kreeftachtigen (Crustacea), insecten (Insecta), zoetwatersponzen (Spongillidae) en mosdiertjes (Bryozoa).
