Le macrozoobenthos (invertébrés benthiques vivant sur le lit du fleuve) est un indicateur de pollution par des substances et de dégradation hydromorphologique. On a relevé au total dans le Rhin plus de 560 espèces et/ou taxons supérieurs. Les plus caractéristiques sont les mollusques, les oligochètes, les crustacés, les insectes, les spongillidés et les bryozoaires.
