Vanaf 2000
Met het Verdrag van Maastricht, dat op 1 november 1993 in werking trad, werd milieu- en waterbescherming voor het eerst verankerd in de doelstellingen van de Europese Unie.
Bij de uitwerking van stroomgebiedgerelateerde EU-richtlijnen op het gebied van milieu en water werd er stevig voortgebouwd op de ervaring van de ICBR met internationale waterbescherming.
Op 22 december 2000 werd de Europese Kaderrichtlijn Water van kracht. In deze richtlijn, waarvan de verplichtingen bindend zijn voor alle EU-lidstaten, wordt het aan de Rijn beproefde beginsel van integraal waterbeheer voortgezet. De Kaderrichtlijn Water heeft tot doel om voor 2015 in alle wateren de goede toestand te bereiken.
Zwitserland, dat geen lid is van de EU, heeft zich er in januari 2001 toe bereid verklaard om de EU-lidstaten binnen de ICBR op grond van zijn nationale wet- en regelgeving te ondersteunen bij de stroomgebiedbrede coördinatie.
Terzelfder tijd heeft de ICBR de banden met Liechtenstein, Oostenrijk en België (Wallonië) aangehaald. Met deze staten, die wel in het Rijnstroomgebied liggen, maar geen verdragspartij zijn, werd er een gemeenschappelijk platform, het zogenaamde “Coördineringscomité Rijn“, in het leven geroepen voor de gecoördineerde implementatie van EU-richtlijnen in het internationale stroomgebied van de Rijn.
December 2000 Inwerkingtreding van de EG-Kaderrichtlijn Water (2000/60/EG)
Januari 2001 Rijnministersconferentie 2001 - vaststelling van het “Programma voor de duurzame ontwikkeling van de Rijn, Rijn 2020“ ICBR + WRRL
Januari 2003 Inwerkingtreding van het Verdrag ter bescherming van de Rijn
December 2006 Inwerkingtreding van de EG-Grondwaterrichtlijn (2006/118/EG)
Oktober 2007 Rijnministersconferentie 2007
November 2007 Inwerkingtreding van de EG-Richtlijn over overstromingsrisico's (2007/60/EG)
Januari 2009 Inwerkingtreding van de EG-Richtlijn inzake milieukwaliteitsnormen op het gebied van het waterbeleid, “prioritaire stoffen” (2008/105/EG)
Augustus 2013 Inwerkingtreding van de EU-Richtlijn tot wijziging van Richtlijn 2000/60/EG en Richtlijn 2008/105/EG wat betreft prioritaire stoffen op het gebied van het waterbeleid
Juni 2014 Inwerkingtreding van de EU-Richtlijn tot wijziging van bijlage II bij Richtlijn 2006/118/EG van het Europees Parlement en de Raad betreffende de bescherming van het grondwater tegen verontreiniging en achteruitgang van de toestand