Talrijke van het water afhankelijke beschermde gebieden in het Rijnstroomgebied dragen er samen met andere beschermingsmaatregelen toe bij dat de draagkracht van de natuurlijke huishouding van het Rijnsysteem bewaard blijft en waar nodig wordt hersteld.
Het stroomgebied van de Rijn bevat
Naast de Waddenzee zijn de wateren die goede paaigronden en opgroeihabitats voor trekvissen bieden (programmawateren van het Masterplan trekvissen) van bovenregionaal belang.