Durch das Makrozoobenthos (an der Gewässersohle lebende Wirbellose) können sowohl stoffliche Belastungen als auch die Degradation der Gewässermorphologie indiziert werden. Insgesamt wurden am Rhein mehr als 560 Arten bzw. höhere Taxa nachgewiesen. Aspektbildend sind vor allem Weichtiere (Mollusca), Wenigborster (Oligochaeta), Krebse (Crustacea), Insekten (Insecta), Süßwasserschwämme (Spongillidae) und Moostierchen (Bryozoa).
