De toestand van de Rijn wordt van Zwitserland tot Nederland gemonitord. De meetlocaties staan op de kaart van het Rijnstroomgebied (zie hieronder).
De biologische monitoring en classificatie van het voorkomen van waterplanten, algen, vissen en ongewerveld macrozoöbenthos is een uitermate belangrijk onderdeel van de controle van de toestand. In het onderzoek wordt ook rekening gehouden met bepaalde kenmerken van de wateren, zoals de hydromorfologie (ecomorfologische kwaliteit).