De biologische kwaliteitselementen die zijn vastgelegd in de KRW zijn in de jaren 2005/2006 gecoördineerd onderzocht voor de hoofdstroom van de Rijn. Het compartiment vissen is een indicator voor uitgestrekte morfologische achteruitgang, verlies van uiterwaardwateren, ontbrekende passeerbaarheid, veranderingen in de afvoer (bijv. opstuwing, onttrekking, omleiding) en thermische belastingen.
Het soortenspectrum in de Rijn is nagenoeg volledig: met inbegrip van de drie forelvariëteiten en de nieuwe soorten die naar de rivier zijn overgebracht, zijn er 67 vissoorten vastgesteld. Dat betekent dat, met uitzondering van de Atlantische steur, alle soorten die de Rijn vroeger bewoonden weer voorkomen in de rivier.