Der Masterplan Wanderfische Rhein soll aufzeigen, wie in einem überschaubaren Zeit- und Kostenrahmen wieder sich selbst erhaltende stabile Wanderfischpopulationen im Rheineinzugsgebiet bis in den Raum Basel angesiedelt werden können. Die Rheinministerkonferenz hatte am 18. Oktober 2007 ihren Willen bekräftigt, die Durchgängigkeit im Rheinhauptstrom bis Basel und in den Lachsprogrammgewässern schrittweise wiederherzustellen.
Ausgehend vom bisher Erreichten setzt der "Masterplan" Prioritäten für eine phasenweise Realisierung der Maßnahmen, benennt die Größenordnung der Kosten und zeigt zusätzlichen Untersuchungsbedarf auf.