L'objectif du programme Rhin 2040 est une bonne qualité des eaux. Les eaux du Rhin doivent être suffisamment propres pour produire de l'eau potable avec des moyens de traitement aussi simples ou proches du naturel que possible. Les matières en suspension, sédiments, plantes et animaux doivent également être exempts de pressions. Ici, six objectifs partiels ont été formulés et doivent être atteints entre autres au travers des mesures suivantes.

1. Réduire les apports de nutriments

• Mieux éliminer le phosphore et l’azote dans les stations d’épuration
• Promouvoir l'agriculture biologique

2. Réduire d'au moins 30 % les apports de micropolluants

• Développer un système d'évaluation
• Mettre en œuvre les mesures figurant dans la recommandation d'action publiée en 2019 dans les trois volets eaux usées, agriculture et industrie
• Améliorer la surveillance de substances non dotées de méthodes standardisées (analyse non cyblée)

3. Réduire les pressions de polluants

• Poursuivre l’identification et la surveillance des apports significatifs
• Poursuivre les mesures de réduction, et au besoin les compléter

4. Améliorer la qualité des sédiments

• Mettre en œuvre les mesures du Plan de gestion des sédiments d'ici 2025
• Si nécessaire, actualiser le Plan de gestion des sédiments

5. Assurer une gestion tournée vers l'avenir du Plan d'Avertissement et d'Alerte Rhin

• Évaluer les déclarations annuelles
• Réaliser des tests et exercices transfrontaliers
• Élaborer un nouveau modèle du temps d'écoulement du Rhin d’ici 2027

6. Réduire les déchets et les plastiques

• Améliorer l'état des connaissances
• Réduire les apports à la source
• Promouvoir le développement de méthode d’évaluation des microplastiques
• Sensibiliser le public