Le bassin fluvial du Rhin est subdivisé en neuf sous-bassins (secteurs de travail), la plupart internationaux, à partir de caractéristiques hydrographiques et géographiques. Le cours principal du Rhin et ses affluents ont été déclinés en six tronçons (Rhin alpin / lac de Constance, Haut Rhin, Rhin supérieur, Rhin moyen, Rhin inférieur, Delta du Rhin).
Les trois principaux sous-bassins, le Neckar, le Main et la Moselle-Sarre, constituent des unités séparées. Au sein de ces secteurs de travail, les Etats et les Länder fédéraux ou régions impliqués se concertent sur les questions de gestion transfrontalière.
La qualité des eaux et l'écologie de l'Aar sont des volets coordonnés dans le secteur de travail 'Haut Rhin'.
« Le Rhin réunit tout. Le Rhin est rapide comme le Rhône, large comme la Loire, encaissé comme la Meuse, tortueux comme la Seine, limpide et vert comme la Somme, historique comme le Tibre, royal comme le Danube, mystérieux comme le Nil, pailleté d’or comme un fleuve d’Amérique, couvert de fables et de fantômes comme un fleuve d’Asie ».
(Victor Hugo, 1842)