Le Plan directeur ‘Poissons migrateurs’ Rhin, qui date de 2009 (rapport CIPR n° 179), a été remis à jour sur la base de récentes évolutions et connaissances. Il y a été apporté des mesures complémentaires telles que l'évaluation et le contrôle des dispositifs d'aide à la migration, des mesures de lutte contre la pêche illicite et des stratégies d'alevinage. Il fait également référence dans une marge plus importante à d'autres espèces de poissons que le saumon et la truite de mer. Par ailleurs, il prend en compte les 200 ha supplémentaires de zones de grossissement pour les saumons identifiés en Suisse depuis 2013 dans le bassin de l'Aar et dans les affluents du haut Rhin en aval du débouché de l'Aar, ce qui porte la superficie des habitats salmonicoles identifiés dans les rivières prioritaires du bassin du Rhin à un total de 1 200 ha. Un nouveau chapitre sur l'état des connaissances et sur les techniques de protection des poissons à la dévalaison y est également ajouté.
Un chapitre bilan présente l'état de mise en œuvre des principales mesures et recommandations énoncées dans le Plan directeur 2009.
L'objectif faîtier du Plan directeur 'Poissons migrateurs' reste celui de peuplements pérennes de poissons migrateurs en équilibre naturel dans le bassin du Rhin.