Die Rheinschutzziele des Programms „Rhein 2020“  konzentrieren sich vor allem auf folgende Bereiche:

• Verbesserung des Ökosystems Rhein
• Hochwasservorsorge und Hochwasserschutz
• Schutz der Wasserqualität
• Grundwasserschutz

Zur Verbesserung des Ökosystems Rhein sollen

• das ehemals vorhandene Netz rheintypischer Biotope (Biotopverbund) und die ökologische Durchgängigkeit des Rheins vom Bodensee bis zur Nordsee sowie die Durchgängigkeit der im Wanderfischprogramm enthaltenen Nebenflüsse wieder hergestellt werden.

Zur Hochwasservorsorge und zum Hochwasserschutz sollen

• Risiken für Hochwasserschäden bis 2020 in der Rheinniederung um 25 Prozent verringert werden (Bezugsjahr 1995)
• extreme Hochwasserspitzen unterhalb der staugeregelten Oberrheinstrecke (ab Baden - Baden) um bis zu 70 cm reduziert werden (Bezugsjahr 1995).

Zur Wasserqualität – diese soll so beschaffen sein, dass

• die Trinkwassergewinnung mit einfachen, naturnahen Aufbereitungsverfahren möglich ist,
• Wasserinhaltsstoffe weder einzeln noch in ihrem Zusammenwirken nachteilige Effekte auf die Lebensgemeinschaften von Pflanzen, Tieren und Mikroorganismen haben,
• Rheinfische, Muscheln und Krebse ohne Einschränkung für den menschlichen Verzehr geeignet sind,
• an geeigneten Orten am Rhein wieder gebadet werden kann und
• die schadlose Verbringung von Baggergut gewährleistet werden kann.

Zum Grundwasserschutz soll

• eine gute Grundwasserqualität wieder hergestellt werden und
• das Gleichgewicht zwischen Grundwasserentnahme und –neubildung sichergestellt werden.