Vorläufer des Programms „Rhein 2020“ war das „Aktionsprogramm Rhein“, das 1987 von der IKSR als umfassendes Sanierungsprogramm ins Leben gerufen worden war. Ein Jahr zuvor war der Rhein durch einen Chemieunfall vergiftet worden, wodurch Fische und Kleintiere von Basel bis Koblenz starben.
Im Jahr 2000 hat das Aktionsprogramm Rhein seine Laufzeit beendet. In der Bilanz zeigte sich, dass es seine Ziele größtenteils erreicht oder sogar übertroffen hat.