Im Rheinwasser schweben unzählige pflanzliche und tierische Kleinstlebewesen, die nur mit dem Mikroskop erkennbar sind und „Plankton“ genannt werden. Sie sind für das Ökosystem des Flusses von immenser Bedeutung.

Bisher hat die IKSR das Rheinplankton alle fünf Jahre untersucht. Künftig wird die Häufigkeit der Untersuchungen den vorgeschriebenen Untersuchungsintervallen der Wasserrahmenrichtlinie angepasst.

Im Jahr 2000 war der Gehalt an grünem Pflanzenfarbstoff (Chlorophyll a) im Rheinwasser niedriger als im Jahr 1985. Dies lässt darauf schließen, dass sich der Nährstoffgehalt, insbesondere Phosphor, verringert hat, und sich die Qualität des Gewässers gemessen am Trophiegrad verbessert hat.

Eine übermäßige Entwicklung von Planktonalgen deutet darauf hin, dass die Nährstoffgehalte im Rheinwasser zu hoch sind. Eine solche „Eutrophierung“ kann sich vor allem im Rheinunterlauf oder IJsselmeer einstellen.

Stärker noch als durch den Nährstoffgehalt wird die Entwicklung des pflanzlichen Planktons in einem Strom wie dem Rhein jedoch durch die Fließgeschwindigkeit und andere physikalische und hydrodynamische Faktoren beeinflusst.