Der Rhein ist eine der wichtigsten internationalen Schifffahrtsstraßen der Erde und die bedeutendste Wasserstraße Europas. Das Transportvolumen und die Transportkapazität des Rheins zwischen Rheinfelden bei Basel und der deutsch-niederländischen Grenze belief sich 2002 auf etwa 200 Millionen Tonnen/Jahr. Seine Bedeutung wird weiter zunehmen. Im Vergleich zu 2002 wird für das Jahr 2015 für den Rhein eine Steigerung des Güterverkehrsaufkommens um durchschnittlich 2 bis 3 Prozent pro Jahr erwartet.

Im Vergleich zu den anderen Verkehrsträgern ist das Binnenschiff recht umweltfreundlich, trotzdem trägt die Binnenschifffahrt nach wie vor direkt und indirekt zur Verschlechterung des ökologischen Zustands sowie der Wasserqualität des Rheins bei. 2007 beauftragten die zuständigen Ministerinnen und Minister der Rheinanliegerstaaten die IKSR – zusammen mit  der Zentralkommission für die Rheinschifffahrt - mit der Aufklärung der Binnenschifffahrt in Bezug auf die Risiken absichtlich oder unabsichtlich erfolgter Schadstoffverluste, die immer noch zu verzeichnen sind.

Weitere Auswirkungen der Schifffahrt umfassen die Einwirkung von Wellenschlag auf die Ufergemeinschaften, die Entstehung von Strudeln durch Schiffsschrauben, die zu künstlicher Wassertrübung und Aufwirbelung von Sedimenten führt und die Verbreitung fremder Tier- und Pflanzenarten.

Der Rhein wurde von der Mündung in die Nordsee bei Rotterdam bis Basel/ Rheinfelden auf einer Länge von rund 800 km durchgehend für die Großschifffahrt ausgebaut. Durch den Ausbau des Rheins für Schifffahrt und Wasserkraftnutzung seit Mitte des 19. Jahrhunderts wurde die natürliche Überflutungsaue auf 15 Prozent zurückgedrängt und die ökologische Durchgängigkeit beeinträchtigt.