Zahlreiche wasserabhängige Schutzgebiete im Rheineinzugsgebiet tragen zusammen mit weiteren Schutzmaßnahmen dazu bei, die Leistungsfähigkeit des Naturhaushalts des Rheinsystems zu erhalten und, wo nötig, wiederherzustellen.
Im Einzugsgebiet des Rheins befinden sich
- rund 26.500 Wasserschutzgebiete für Trinkwasserentnahmen. Sie müssen vor diffusen Stoffeinträgen aus der Landwirtschaft und dem städtischen Umfeld geschützt werden.
- etwa 250 ausgewiesene oder vorgeschlagene Vogelschutzgebiete und etwa 2.360 vorgeschlagene Fauna-Flora-Habitat-Gebiete. Als Teil des Biotopverbund- und Schutzgebietssystems „Natura 2000“ dienen sie dem Erhalt wasserabhängiger Lebensräume und Arten, zum Beispiel dem Schutz bedeutender Fischlebensräume und wichtiger Brut-, Rast- und Überwinterungsgebiete für Vögel. Die Gesamtfläche wasserabhängiger Natura 2000-Gebiete im Rheingebiet beträgt 19.000 km², das entspricht etwa 10 Prozent.
- Gebiete nach EG-Fischgewässer- oder Muschelgewässer-Richtlinie auf einer Gesamtlänge von rund 5.900 km über 100 Teilabschnitte. Neben dem Wattenmeer sind die Gewässer des Programms „Rhein & Lachs 2020“ von überregionaler Bedeutung.