L’état écologique du Rhin et de ses affluents s’est encore amélioré par rapport à 1995 grâce à la coopération exemplaire des Etats riverains du Rhin membres de la CIPR. La plupart des objectifs intermédiaires définis pour restaurer l’écosystème du Rhin, figurant dans le « Programme pour le développement durable du Rhin » - « Rhin 2020 » ont été atteints en 2005.

Des plaines alluviales rhénanes sont réinondées, d’anciens bras du Rhin remis en communication avec le fleuve et la morphologie des berges est restaurée sur de petits tronçons. On note une augmentation du nombre des espèces animales et végétales. Depuis 2006, le saumon et d’autres poissons migrateurs peuvent à nouveau atteindre Strasbourg à partir de la mer du Nord.
Les travaux de connexion de différents habitats le long du Rhin depuis le lac de Constance jusqu’à la mer qui visent à rétablir un réseau de biotopes progressent également.

Le plan d’action de la CIPR définit des objectifs clairs et des zones géographiques prioritaires tout en reliant étroitement les mesures de protection des eaux, protection de la nature et prévention des inondations. Malgré ces succès, le fonctionnement écologique de l’hydrosystème Rhin n’est pas encore satisfaisant. Il convient notamment d’améliorer la continuité écologique du Rhin depuis le lac de Constance jusqu’à la mer et de ses affluents. L’accroissement de la diversité morphologique sur les berges du Rhin et de ses bras (Rhein 2020 bilan 2005) et l’extension des zones alluviales sont également visés. Afin de rétablir la continuité écologique du Rhin et de ses affluents, la CIPR a élaboré actuellement un « Plan directeur ‘Poissons migrateurs’ Rhin » (rapport n° 179, PDF 4,2 MO).

Ces mesures écologiques sont nécessaires, de nombreux travaux d’aménagement sur le Rhin même et sur presque tous ses affluents ayant modifié en profondeur le régime hydrologogique et les conditions morphologiques. Plus de 85 pour cent des zones alluviales sur le Rhin supérieur et le Rhin inférieur ont été coupées du fleuve, entraînant une perte considérable d’habitats et d’espèces animales et végétales typiques du milieu rhénan.